Versionierung bedeutet die Erfassung aller Veränderungen von Forschungsdaten während des Arbeitsprozesses. Es empfiehlt sich bei jeder Datenanpassung eine neue Version dieser zu speichern, um die Veränderung nachvollziehbar kenntlich zu machen. Dafür können manuelle Maßnahmen wie Versionierungsschemata (z. B. durch Nummerierung: Version 1.3.2.) ergriffen, oder Versionierungssoftware wie Git verwendet werden. Versioniert wird während des Forschungsprozesses selbst, aber auch bei bereits veröffentlichten Forschungsdaten ist eine Versionierung im Nachhinein möglich, um nachnutzenden Dritten die korrekte Version der Forschungsdaten zur Verfügung zu stellen.